益生菌的歷史悠久。上世紀初,俄羅斯諾貝爾獎獲得者 Eli Metchnikoff 最初觀察到一些選定細菌的積極作用。法國兒科醫生 Henry Tissier 觀察到患有腹瀉的兒童糞便中細菌的特征,并建議用特定細菌幫助腹瀉患者恢復健康的腸道菌群。
史前時期,人類在農業耕作時就已開始無意使用益生菌,如壽司長時間儲存后的發酵。13 世紀,威尼斯商人和旅行家馬可·波羅的游記中提到過富含益生菌的發酵飲料,如開菲爾。
公元前 3000 多年,居住在土耳其高原的古代游牧民族可能就開始制作和飲用酸奶。公元前 2000 多年,希臘東北部和保加利亞的色雷斯人也掌握了制作酸奶的技術。
20 世紀初,研究者們提出用活的有益細菌拮抗有害微生物來調節腸道菌群,才提出了“益生菌”的概念。俄國科學家伊利亞·梅契尼科夫發現保加利亞有很多百歲老人,歸因于當地酸奶中的微生物,并將其定名為“保加利亞乳桿菌”。
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