慶余年第二季的劇情主要圍繞范閑面對二皇子的威脅和挑戰展開。范閑回到慶國京都后,二皇子以費介、范思轍以及滕家遺孤的安危來威脅范閑,逼他向自己俯首稱臣。范閑面對抱月樓迷局和接踵而至的春闈危機,這些都是二皇子為了陷害范閑而布下的陷阱。范閑與林婉兒如愿大婚后接手內庫,卻發現內庫負債累累。范閑決定靠自己的力量解決內庫危機,通過售賣“庫債”籌集了兩千多萬銀兩,解決了內庫空虛問題。然而,慶帝在懸空寺上遭遇三連刺殺,范閑出手相救卻導致武功全廢。范閑面臨危機四伏、壓力陡增的情況下,別無選擇,他必須以身體下江南,挑戰龐大的勢力與既定的游戲規則,以求徹底奪回內庫。慶余年第二季的劇情圍繞著這些發展展開。