慶余年中的秘密包括:慶帝害死葉輕眉的秘密、神廟的秘密、禁忌之門的秘密、范閑的前世記憶、慶帝設下的陷阱等。其中,慶帝暗地里調走保護葉輕眉的人導致她死亡,這是慶帝害死葉輕眉的最大秘密。神廟是一個軍事博物館,保存著上個紀元的人類文明的科技中心,其中可能有現代化的高科技設備。禁忌之門可能涉及到一些危險和人類滅亡的秘密。范閑擁有前世的記憶,葉輕眉在信中提到他是實驗,是例外,是BUG。此外,慶帝費盡心機設下的陷阱讓肖恩以為范閑是自己的孫子,以獲取神廟和葉輕眉的秘密。總的來說,慶余年中的秘密涉及到人物之間的關系、地點的隱藏以及科技的發展。