慶余年的秘密主要涉及到神廟和太平別院的湖底。肖恩知道神廟的位置,并且見過葉輕眉從神廟里出來。他將這個秘密告訴了范閑,但受到葉輕眉的要求,他不能將這個秘密泄露出去,因為泄露神廟的位置可能會給世界帶來巨大的災難。此外,葉輕眉留給范閑的箱子以及禁忌之門的秘密也是慶余年的秘密之一。葉輕眉在給范閑的書信中提到了太平別院湖底,湖底存在著禁忌之門,也是一切秘密的最終所在。禁忌之門與范閑有關,與范閑來到這個世界有關。范閑是上輩子得了絕癥,精神“穿越”到葉輕眉兒子身上的人,這被小說解釋為上個文明的一種實驗。然而,具體的慶余年的秘密細節并未在提供的搜索結果中詳細闡述,因此無法得出更具體的答案。