康平本傷寒論與宋本傷寒論存在以下差異：
1. 篇章構成：康平本傷寒論為一卷十二篇，不分卷，缺少 《辨脈法》 《平脈法》 兩篇及“可”與“不可”諸篇等。
2. 排版方面：康平本的經文有許多是低一格、低兩格排印的，且許多條文有小字旁注和小字夾注、嵌注等；而宋本把低一格、低兩格的條文一律上升一格、兩格刊刻，把小字旁注和小字夾注、嵌注一律作為正文刊刻，成為法定經文。 3. 內容及文理： 《宋本傷寒論》 中很多不同寫作風格的文字雜合在一起，而 《康平本傷寒論》 中分開排版后，通篇文理更順暢，更接近原著之意。 《宋本傷寒論》 的后世編輯痕跡較明顯，掩蓋了原著的一些重要信息，而 《康平本傷寒論》 被認為是真本，且優于 《宋本傷寒論》 。
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