長相思東皋琴譜的歌詞在不同版本中有所不同。例如，較早被收錄于清康熙時（1682 年）程雄所輯 《抒懷操》 古譜中的歌詞為五代南唐詞人馮延巳 《長相思》 ：“紅滿枝，綠滿枝，宿雨懨懨睡起遲，閑庭花影移。憶歸期，數歸期，夢見雖多相見稀，相逢知幾時。” 而 《和文注音琴譜》 中注琴曲歌詞：“紅滿枝，綠滿枝，宿雨懨懨睡起遲，閑庭花影移。憶歸期，數歸期，夢見雖多相見稀，相逢知幾時。” 另外，在日本的正宗唱法中也有：“紅滿枝，綠滿枝，宿雨懨懨睡起遲，閑庭花影移。” 還有如 《琴學門徑》 所錄，歌詞同 《東皋琴譜》 ，為白居易詞：“汴水流，泗水流。流到瓜洲古渡頭，吳山點點愁。 思悠悠，恨悠悠。恨到歸時方始休，月明人倚樓。”
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