慶余年第二季與原著存在多處不同。例如,滕梓荊在原著中并非鑒查院的人,牛欄街刺殺時雖出手保護范閑但未死,僅斷了一條腿,之后被送到澹州老宅休養,后續劇情作用不大;范老太太在原著中為范閑做了很多事,如處理管家、幫范閑處理殺人后的事宜等,這些在劇版中未展現。范閑的人設也有更改,原著中他是殺伐果斷、行事縝密的利己主義者,劇版中則被設定為悲天憫人的熱血青年。此外,人物設定方面,原著中的范閑聰明、冷靜、略帶腹黑,第二季劇集中形象變得更加柔和甚至優柔寡斷;情節節奏上,原著劇情緊湊,幾乎每章都有重要情節推進,第二季劇集為增加戲劇效果加入不少旁支線索和額外沖突,導致主線劇情有些拖沓。還有,陳萍萍的形象在原著中是宦官且身形瘦小、喜歡鬢邊簪花,與劇版有所差異。另外,劇版還對原有劇情模塊的順序進行了改動,刪減了很多人物和劇情,給一些不相干的人加了戲,如鄧子月,而范思哲結婚后基本沒戲份,林婉兒的戲份也減少了。