菡云芝的結局在原著小說中有兩種不同的說法。在忘語所著的 《凡人修仙傳》 中，菡云芝最終成功結丹，成為了一名元嬰期修士。而在耳根所著的 《仙逆》 中，菡云芝則是在與魔道六宗的戰斗中犧牲了。
在 《凡人修仙傳》 動漫中，菡云芝的結局與原著小說類似。她在加入御靈宗后得到了同族長老的幫助，最終成功結丹。在韓立與南宮婉的大婚上，菡云芝前來祝賀，與韓立聊起了以前的種種。這之后，菡云芝就再也沒有了出場的機會。
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