慶余年第二季與原著存在較大差別。在人物設定方面,例如范閑在原著中是殺伐果斷、絕對利己主義且行事縝密的形象,而在劇版中被設定為悲天憫人的熱血青年,手法低劣;陳萍萍在原著中是身形瘦小的宦官,吳剛老師飾演的外形與之相差甚遠;言冰云在原著中外形俊美、性格冷漠,劇版的演繹更為溫情。在劇情方面,第二季的劇情順序有所改變,如原著中劇情順序是春闈案>大婚>出使北齊>抱月樓事件>懸空廟刺殺>下江南收內庫,而劇版有不同。此外,劇中一些人物和情節也與原著存在差異,如言冰云假死在原著中沒有,滕子京在原著中只是腿瘸未死且后來當了縣令,檢察院一處的主事在原著中是木鐵,去北齊接替言冰云的人在原著中是王啟年,代替王啟年的人在原著中是鄧子月,林婉兒和范閑的大婚在原著中是在范閑出使北齊之前,且場面盛大。