西安交通大學(xué)第二附屬醫(yī)院的明星科室包括心血管病院、骨外科、消化內(nèi)科、臨床專科護(hù)理、地方病科(地方性骨病、心肌病、碘相關(guān)及甲狀腺疾病)、麻醉科、皮膚科、呼吸內(nèi)科、耳鼻咽喉頭頸外科、急診科、中醫(yī)科、血液內(nèi)科、小兒外科、腫瘤病院、腦科病院、婦科、普通外科、老年病科、醫(yī)學(xué)影像科、內(nèi)分泌科等。其中,小兒外科、腫瘤病院、心血管病院、神經(jīng)病院為國(guó)家重大疾病多學(xué)科合作診療能力建設(shè)項(xiàng)目;中醫(yī)科被評(píng)為全國(guó)綜合醫(yī)院中醫(yī)藥工作示范單位;骨外科、普通外科、呼吸內(nèi)科、耳鼻咽喉科、血液內(nèi)科被評(píng)為陜西省醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科;皮膚病院、消化內(nèi)科、眼科、泌尿外科、麻醉科被評(píng)為陜西省優(yōu)勢(shì)醫(yī)療???;中醫(yī)腎病學(xué)科被評(píng)為陜西省中醫(yī)重點(diǎn)學(xué)科;心血管內(nèi)科、產(chǎn)科、新生兒科、肝膽外科、小兒外科、神經(jīng)內(nèi)科、泌尿外科為陜西省臨床重點(diǎn)建設(shè)???。這些科室在相關(guān)領(lǐng)域的研究和診治方面均形成了各自突出的優(yōu)勢(shì),在西北及陜西省醫(yī)學(xué)界中具有重要影響和學(xué)術(shù)地位,在廣大百姓群眾中也享有極高的認(rèn)可度和良好的口碑。