慶余年太平別院湖底的秘密是禁忌之門。根據葉輕眉在給范閑的信中提到,太平別院湖底存在著禁忌之門,這是一切秘密的最終所在。太平別院是葉輕眉長期居住的地方,也是慶帝、陳萍萍、范建等人年輕時的回憶之地。禁忌之門的秘密與范閑有關,與范閑來到這個世界有關。范閑是上輩子得了絕癥,精神“穿越”到葉輕眉兒子身上的人,這被解釋為上個文明的一種實驗。然而,范閑是唯一成功的實驗品,這違反了人類思想底線,因為一個精神能量奪舍了一個初生兒的靈魂,這本身就犯了禁忌。除了禁忌之門,太平別院湖底可能還隱藏著其他秘密,如通往神廟的傳送門或兵器庫。然而,具體的細節和內容并未在提供的搜索結果中提及。